github: https://github.com/MontaEllis/Pytorch-Medical-Segmentation
基于PyTorch的专注于医学图像分割的开源库,其支持模型丰富,方便易用。其可算为torchio的一个实例,作者将其综合起来,包含众多经典算法,实用性比较强。
该库特点:
- 支持2D和3D医学图像分割,可以修改hparam.py文件来确定是2D分割还是3D分割以及是否可以进行多分类。
- 支持绝大数主流分割模型,几乎提供了所有的2D和3D分割的算法。
- 兼容几乎所有的医学数据格式(例如 nii.gz, nii, mhd, nrrd, …),修改hparam.py的fold\_arch即可。
作者提供了训练和测试推断的代码,简单配置后训练和推断都仅需要一行命令。
已包含的分割模型:
- 2D
- unet
- unet++
- miniseg
- segnet
- pspnet
- highresnet(copy from https://github.com/fepegar/hi… Thank you to fepegar for your generosity!)
- deeplab
- fcn
- 3D
- unet3d
- densevoxelnet3d
- fcn3d
- vnet3d
- highresnert(copy from https://github.com/fepegar/hi… Thank you to fepegar for your generosity!)
- densenet3d